IDCHP et Biologie. Demi-journée de la FIL

IDCHP et Biologie. Demi-journée de la FIL

Matinée du 31 mars. Demi journée du thème Informatique distribuée et calcul haute performance (IDCHP) de la Fédération Informatique de Lyon

Le 31 mars à 10h00 en virtuel. Informations de connexion vous serons communiqué à partir de votre mail d’inscription. 
Informations disponibles également ici:https://perso.liris.cnrs.fr/xavier.urbain/idchp/

Séminaire IDCHP et…

Les demi-journées « IDCHP et… » mêlent exposés au cœur du thème et ouvertures à d’autres communautés.

Les exposés visent en général un public large et, si possible, jeune : la présentation des problématiques d’IDCHP va en effet de pair avec l’effort de formation et la motivation des vocations : la transmission d’une culture qui situe les compétences et offre les opportunités de collaboration. C’est l’ambition du thème.

Séminaire IDCHP et biologie

Matinée du mercredi 31 mars 2021

L’inscription est gratuite mais obligatoire sur le formulaire accessible [ici]

Les informations de connexion pour les exposés et discussions seront transmises aux inscrits.

Emmanuel Godard

Panorama des Modèles de Calcul Distribué : Des réseaux sans-fil aux systèmes biologiques. (A Distributed Computing Models Panorama : From wireless networks to biological systems)
 
We present a panorama of modern distributed computing models. These models are highly diverse being introduced for many different application contexts : internet communication networks, HPC, manycores machines, vehicular networks, etc. We show that there exists common notions to organize this variety and that most models are fortunately computationnaly equivalent to (variant of) others. We will in particular focus on an elegant model that has been defined and redefined in many contexts, from highly dynamic networks to shared registers. We also expose how distributed models can escape the digital world, going eg from wireless networks to biological systems.  

Loïc Paulevé

Formal methods for capturing dynamics of biological networks
 
The prediction of behaviors of biological systems is a tremendous challenge at the intersection of multiple disciplines, including mathematics and computer science. Processes such as cellular differentiation involve many actors at the molecular and genetic level, and whereas global knowledge exists on their pairwise interactions, their observation provides limited information for devising a precise model. In this talk, I’ll give an overview of formal methods around the /qualitative/ modelling of dynamics of biological networks which offers coarse-grained but robust predictions. Motivated by applications in cellular reprogramming, I’ll focus on Boolean networks with questions related to the update schedule of nodes and its influence on reachability and stability properties.  
 

 

Pour toutes questions merci de contacter Xavier Urbain et/ou Eddy Caron.

Posted in FIL

3ème journée du thème IDCHP de la FIL

Troisième journée du thème Informatique distribuée et calcul haute performance (IDCHP) de la Fédération Informatique de Lyon

Le 13 octobre à 9h30 à L’ENS de Lyon. Salle des conseils de l’ENS. Batiment Monod (2ème étage)
Comment venir: Accès à l’ENS. Site de Monod.
Inscription (gratuite mais fortement souhaitée pour des questions de logistique via le pad communiqué dans la mailing list)

Journée d’échange axée sur les systèmes distribuées

&

Talk invité ouvert à tous: The Red Belly Blockchain: Consistency and Scalability. Vincent Gramoli (Université de Sydney).  (voir détails ci-dessous)

 Suite à la première journée du thème IDCHP de la FIL nous avons prévu de nous retrouver sur des thèmes plus spécifiques pour des journées d’échange.

  • La deuxième journée sur l’IoT et les capteur aura lieu le 27 novembre (lieu et détails à venir)
  • La troisième journée sur les systèmes distribuées le 13 octobre (voir le programme ci-dessous)

Programme:

9h30 – 9h45 Accueil

9h45 – 12h00 Session plénière

Quelques sujets que nous pouvons aborder …

Autonomic workflow Deployment on dynamic platforms Hadrien Croubois (LIP) / Eddy Caron (LIP)
Taming Tail Latency in Key-Value Stores for Heterogeneous Workloads Sonia Ben Mokhtar (LIRIS)
Blockchain: an Ephemeral Buzzword or a New Paradigm for Distributed Systems? – What Research Agenda for the Next 5 Years?  Lionel Brunie (LIRIS)

Achieving Privacy and Utility Trade-off in User Mobility Data Sara Bouchenak (LIRIS)
 

12h00 – 13h30 Repas offert par la FIL

14h00Exposé ouvert à tous à l’Amphi B – Site de Monod – ENS de Lyon

Titre: The Red Belly Blockchain: Consistency and Scalability
Vincent Gramoli (University Sydney)
Abstract: To cope with blockchain inconsistencies, like double-spending, developers started building upon Byzantine Fault-Tolerant (BFT) consensus to solve this blockchain problem. At first it seems reasonable because consensus can be effective at totally ordering transactions into a chain.
Unfortunately, these two problems are different. In short, the blockchain problem aims at totally ordering blocks of transactions issued by a large set of potentially misbehaving internet machines, whereas the consensus problem aims at deciding upon one of the values proposed by typically fewer but non-misbehaving machines.
In this talk, I will describe the blockchain consensus problem, a variant of the classic consensus definition, that was recently defined for blockchains. I will present the red belly blockchain, a blockchain that does not use BFT consensus as a black box but rather solves the blockchain consensus problem and illustrate empirically the benefits it offers.
Bio: Vincent Gramoli is the Head of the Concurrent Systems Research Group at the University of Sydney and a Senior Researcher at Data61-CSIRO.
He received his PhD from University of Rennes and his Habilitation from UPMC Sorbonne University. Prior to this, he was affiliated with Cornell University and EPFL. His research interest is in distributed computing.

Participants:

Ben Mokhtar Sonia LIRIS
Bennani Nadia LIRIS
Bouchenak Sara LIRIS
Brunie Lionel LIRI
Caniou Yves LIP
Caron Eddy LIP
Cazabet Rémy LIRIS
Croubois Hadrien LIP
Furno Angelo CITI
Gramoli Vincent Sydney University
Kotto Kombi Roland LIRIS
Le Mouël Frédéric CITI
Lefevre Laurent LIP
Moyaux Thierry DISP
Médini Lionel LIRIS
Perez Christian LIP
Simonin Olivier CITI
Urbain Xavier LIRIS
Vivien Frédéric LIP
Canon Louis-Claude LIP

 

 

 

 

 

 

Pour toutes questions merci de contacter Eddy Caron et/ou Sonia Ben Mokhtar.

Posted in FIL

1ère journée du thème IDCHP de la FIL

Première journée du thème Informatique distribuée et calcul haute performance de la Fédération Informatique de Lyon

Le 13 juin à 9h30 à L’INSA. Amphi Bâtiment Blaise Pascal 501-337 (3ème étage)
Comment venir: http://liris.cnrs.fr/acces/localisation-INSA.htm
Inscription (gratuite mais fortement souhaitée pour des questions de logistique)
http://tinyurl.com/l8sgsce


Cette journée de réflexion de la FIL est axée sur le partage des données au sein de notre thème

 

Partant du constat que beaucoup de nos thématiques peuvent se retrouver autour des données, nous vous proposons de réfléchir à la manière de structurer nos échanges:
  • Comment partager des données au sein de la fédération ?
  • Vous avez réalisé des acquisitions de données pour un papier ou des expériences et ces données sont partageables ? 
  • Vous avez une collaboration académique ou industrielle et ces données sont partageables ? 
  • Vous avez des matrices de très grande taille qui pourrait intéresser vos collègues ? 
  • Vous avez réalisé des benchmarks à partir de data-sets significatifs selon vous qui pourraient servir à d’autres ? 
  • Vous avez généré des dizaines de To de log ?
  • Vous avez des wattmètres ou des capteurs qui produisent des données ?
  • Vous avez un accès à des bases de données de génomique, d’images satellitaires, de data-set issus des réseaux sociaux … ?
  •  Vous commencez à voir où on veut en venir et vous avez d’autres idées à soumettre ? 

Programme:

9h20 – 9h30 Accueil

9h30 – 12h00 Session plénière

9h30 – 9h45 Intro de la FIL et de la journée [Lionel Brunie / Eddy Caron]
9h45 – 9h55 Sonia Ben Mokhtar (LIRIS)
Données de Mobilité. projet IMU PRIVAMOV
 
9h55 – 10h05 Jonathan Rouzaud Cornabas (LIRIS)
Expérience évolution in-silico de bactérie
 
10h05 – 10h15 Laurent Lefevre (LIP)
Mise en place d’une infrastructure de wattmetres pour la plate-forme Grid5000 lyonnaise.
 
10h15 – 10h25 Stéphane Frénot (CITI)
La plateforme Jumplyn: Collecte et aide à la gestion de projets étudiants.
 
10h25 – 10h35 Lionel Médini (LIRIS)
Le Web sémantique et le Web des objets.
 
10h35 – 10h45 Simon Delamare (LIP)
Collecte de données sur la plateforme Grid’5000.
 
10h45 – 11h00 Frédéric Le Mouël (CITI)
Plateforme capteurs IoT sur une architecture Fog/Edge computing
 

11h00 – 12h00 Ordre du jour et Discussions

– La FIL et le partage des données. Bilan.
– Vos attentes vis à vis de la FIL
– L’organisations des prochaines journées
– Idées pour le prochain appel de la FIL.

12h00 – 13h30 Repas offert par la FIL

13h30 – 15h30 Ateliers de discussions en petits groupes en fonction des sujets et questions du matin
15h30 – 16h00 Restitution & Conclusions

 

 

Participants:

Alias Christophe LIP
Ben Mokhtar Sonia LIRIS
Benslimane Djamal LIRIS
Biennier Frédérique LIRIS
Brunie Lionel LIRI
Caron Eddy LIP
Delamare Simon LIP
Frénot Stéphane CITI
Gautier Thierry LIP
Ghedira Chirine LIRIS
Hassas Salima LIRIS
Le Mouel Frederic CITI
Lefevre Laurent LIP
Lesueur Francois CITI
Matignon Laetitia LIRIS et CITI
Médini Lionel LIRIS
Nicolas Olivier CITI
Pérez Christian LIP
Puzenat Didier LIRIS
Rouzaud-Cornabas Jonathan LIRIS
Stouls Nicolas CITI
Subercaze Julien Laboratoire Hubert Curien
Trystram Jean-Baptiste CITI
Urbain Xavier LIRIS

 


Pour toutes questions merci de contacter Eddy.Caron@ens-lyon.fr et/ou Lionel.Brunie@insa-lyon.fr.

Posted in FIL