Month: June 2017

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Compas’2017

 

Avalon members contribute (Eddy Caron as header of the parallelism group) and will be attending to the Compas’17 conference.

Avalon’s talks at Compas’2017.

Four talks:

  • Comment estimer la consommation énergétique de processus avec seulement un wattmètre (et un solveur) ? Valentin Lorentz, Laurent Lefèvre and Gilles Fedak. (Wednesday 11:30 – 12:00)
  • On the (In)Efficiency of IPFS for Geo-distributed VM Images. Jad Darrous (Wednesday 14:00-14:30)
  • Ordonnancement multi-objectifs de workflows dans le cloud : un modèle plus réaliste avec tâches de durée stochastique. Aurélie Kong Win Chang (ROMA member, co-supervised by AVALON members) (Thursday 11:30 – 12:00)
  • Assessing the Impact of Network Bandwidth and Operator Placement on Data Stream Processing for Edge Computing Environments. Alexandre Da Silva Veith, Marcos Dias de Assuncao and Laurent Lefevre  (Thursday 14:00 – 15:30)

Avalon’s keynote by Gilles Fedak (Thursday 9:00 – 10:00)

Title: From research to company. Two technology transfers stories.

Abstract: During this keynote we will have the opportunity to discover successful technology transfers. Two speakers, two stories, two points of view, two feedback for young researchers and so much more…

From an INRIA/University Research Team to an International Innovative Company. Denis presents in this talks the major steps that were needed to achieve a successful technology transfer from an academic team to a startup company, and then growing to a well established company with international presence. From the many difficulties, and often failure, ache, bitterness and headache, to the satisfaction, pleasure, and enjoyment that you sometimes get.

The story behind iExec, the first French major ICO success. What’s an ICO ? ICO stands for Initial Coin Offering. It’s a new way for startup to get funding by emitting new crypto-currencies or tokens on the blockchain. On April 19, iExec raised 10.000 Bitcoins in less than 3 hours, making it the 5th largest ICO in history. In this talk, you will learn about Bitcoins, the decentralization of the economy, and also about the scientific background of iExec, the first blockchain-based distributed Cloud platform.

Laurent Lefevre co-organizes the GreenDays@Sophia event co-located with Compas’2017 ! (June 26-27, 2017)

It is free for Compas participants, so come, assist and discuss with the French Green community !

More information on : GreenDays@Sophia website

More information on the Compas Website.

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1ère journée du thème IDCHP de la FIL

Première journée du thème Informatique distribuée et calcul haute performance de la Fédération Informatique de Lyon

Le 13 juin à 9h30 à L’INSA. Amphi Bâtiment Blaise Pascal 501-337 (3ème étage)
Comment venir: http://liris.cnrs.fr/acces/localisation-INSA.htm
Inscription (gratuite mais fortement souhaitée pour des questions de logistique): http://tinyurl.com/l8sgsce

Cette journée de réflexion de la FIL est axée sur le partage des données au sein de notre thème

 

Partant du constat que beaucoup de nos thématiques peuvent se retrouver autour des données, nous vous proposons de réfléchir à la manière de structurer nos échanges:
  • Comment partager des données au sein de la fédération ?
  • Vous avez réalisé des acquisitions de données pour un papier ou des expériences et ces données sont partageables ? 
  • Vous avez une collaboration académique ou industrielle et ces données sont partageables ? 
  • Vous avez des matrices de très grande taille qui pourrait intéresser vos collègues ? 
  • Vous avez réalisé des benchmarks à partir de data-sets significatifs selon vous qui pourraient servir à d’autres ? 
  • Vous avez généré des dizaines de To de log ?
  • Vous avez des wattmètres ou des capteurs qui produisent des données ?
  • Vous avez un accès à des bases de données de génomique, d’images satellitaires, de data-set issus des réseaux sociaux … ?
  •  Vous commencez à voir où on veut en venir et vous avez d’autres idées à soumettre ? 

Programme:

9h20 – 9h30 Accueil

9h30 – 12h00 Session plénière

9h30 – 9h45 Intro de la FIL et de la journée [Lionel Brunie / Eddy Caron]
9h45 – 9h55 Sonia Ben Mokhtar (LIRIS)
Données de Mobilité. projet IMU PRIVAMOV		  
9h55 – 10h05 Jonathan Rouzaud Cornabas (LIRIS)
Expérience évolution in-silico de bactérie		  
10h05 – 10h15 Laurent Lefevre (LIP)
Mise en place d’une infrastructure de wattmetres pour la plate-forme Grid5000 lyonnaise.		  
10h15 – 10h25 Stéphane Frénot (CITI)
La plateforme Jumplyn: Collecte et aide à la gestion de projets étudiants.		  
10h25 – 10h35 Lionel Médini (LIRIS)
Le Web sémantique et le Web des objets.		  
10h35 – 10h45 Simon Delamare (LIP)
Collecte de données sur la plateforme Grid’5000.		  
10h45 – 11h00 Frédéric Le Mouël (CITI)
Plateforme capteurs IoT sur une architecture Fog/Edge computing		  

11h00 – 12h00 Ordre du jour et Discussions

– La FIL et le partage des données. Bilan.
– Vos attentes vis à vis de la FIL
– L’organisations des prochaines journées
– Idées pour le prochain appel de la FIL.

12h00 – 13h30 Repas offert par la FIL

13h30 – 15h30 Ateliers de discussions en petits groupes en fonction des sujets et questions du matin
15h30 – 16h00 Restitution & Conclusions

 

 

Participants:

Alias Christophe LIP
Ben Mokhtar Sonia LIRIS
Benslimane Djamal LIRIS
Biennier Frédérique LIRIS
Brunie Lionel LIRI
Caron Eddy LIP
Delamare Simon LIP
Frénot Stéphane CITI
Gautier Thierry LIP
Ghedira Chirine LIRIS
Hassas Salima LIRIS
Le Mouel Frederic CITI
Lefevre Laurent LIP
Lesueur Francois CITI
Matignon Laetitia LIRIS et CITI
Médini Lionel LIRIS
Nicolas Olivier CITI
Pérez Christian LIP
Puzenat Didier LIRIS
Rouzaud-Cornabas Jonathan LIRIS
Stouls Nicolas CITI
Subercaze Julien Laboratoire Hubert Curien
Trystram Jean-Baptiste CITI
Urbain Xavier LIRIS

 

Pour toutes questions merci de contacter Eddy.Caron@ens-lyon.fr et/ou Lionel.Brunie@insa-lyon.fr.

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Sensibilisation à la valorisation de la recherche (ENS de Lyon)

Suivez les retours d’expériences de 4 chercheurs de l’ENS de Lyon côté valorisation.

Programme:

– 9h00 : Accueil et Introduction (Service valorisation)
– 9h10 : Guillaume Fantino : Retour d’expérience sur la création de start-up et thèse CIFRE
– 9h50 : Patrick Picard : Retour d’expérience sur la valorisation d’une base de données et prestation de service
– 10h20 : Bertrand Mollereau : Retour d’expérience sur la valorisation d’un savoir-faire et d’un brevet via une collaboration de recherche
– 11h00 : Eddy Caron (Avalon) : Retour d’expérience sur la valorisation d’un logiciel via une collaboration de recherche
– 11h40 – 12h30 : Clôture et invitation au pot (Service valorisation).

 

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Performance, Maintainability and Scalability of In-Silico Experimental Evolution Simulation (PMSISEE)

Overview

The goal of PMSISEE is to support the collaboration between the Avalon (LIP) and Beagle (LIRIS) teams through research activities on programming modelsand tools for HPC applied to the Aevol/R-Aevol simulator of in silico evolution of bacteria.

Scientific objective

A population of organisms adapting to a new environment is a dynamic system changing over time at many levels (molecules, networks, individuals, ecosystems). A large amount of empirical and theoretical evidence indicates that in real populations all these levels interact, making the dynamics of adaptation a highly complex phenomenon. In order to understand bacterial evolution, we need large-scale integrative models in which all relevant levels from the molecule to the ecology are simulated. The Aevol/R-Aevol simulator (http://www.aevol.fr) has been developed by the Beagle team to address such questions. Aevol integrates the molecular and cellular levels to address the evolution of genomic complexity. R-Aevol adds the network level to investigate the evolution of network complexity.

Challenges

In this project we consider the Aevol/R-Aevol simulator, or equivalent code, as the object of the study. At a first glance, it is characterized by several properties: the code is complex due the models to integrate; the amount of computational resources required for simulations is huge when considering the size of the systems (millions of base pairs in the genome, thousands of genes in the genetic network, billions of individuals in the population, billions of generations); load unbalance occurs when running the models under different conditions ( i.e., different parameters). Any gain in performance, will make these simulations very valuable to understand bacterial evolution and to have feedback on the biological models in order to improve them.

The research during the PMSISEE project will be restricted to two main issues related to the software and its algorithms: 1/ analysis and design of specialized models to tackle software complexity in the context of HPC using next generation of parallel supercomputers. This point is based on advances in software engineering of these last twenty years in particular with respect to code composability and re-use using component model; 2/ performance analysis and design of new, or improvement of existing, algorithms for scalable and efficient simulation of evolving bacterial populations on modern parallel architecture. This axis will deal with heuristics for scheduling in order to well balance the work load and reducing communication.

Duration: 2017-2019